Il museo archeologico nazionale di Napoli nasce per l’esigenza di ospitare due nuclei collezionistici molto importanti: la raccolta farnesiana, ereditata da Carlo di Borbone dalla madre Elisabetta Farnese, e i reperti provenienti dalla città vesuviane distrutte dall’eruzione del Vesuvio del 79 d. C. e riscoperte durante la prima metà del Settecento.
Per ricostruire gli eventi che portarono alla nascita dell'odierno Museo Archeologico Nazionale di Napoli bisogna risalire alla politica attuata da Carlo III di Borbone.Il sovrano infatti ereditò da parte di sua madre, Elisabetta Farnese, una meravigliosa collezione di opere d'arte che al tempo era divisa tra Roma e Parma e i cui pezzi più pregiati portò con sé a Napoli.
Il Re avviò inoltre una campagna di scavo a Resina in seguito alla quale vennero alla luce delle statue in marmo e bronzo che facevano parte della decorazione del teatro di Ercolano.
I reperti archeologici rinvenuti furono ospitati presso la Villa Reale di Portici, e costituirono il Museum Herculanense.
La minaccia del Vesuvio a Portici costrinse però Ferdinando IV, erede di Carlo III, a trasferire le collezioni di famiglia in un unico Museo, che fu il grandioso Palazzo degli Studi di Napoli.
La ristrutturazione dell'antico edificio venne affidata al celebre architetto Ferdinando Fuga, che successivamente fu sostituito da Pompeo Schiantarelli, che decise di costruire il piano superiore e l'emiciclo sul lato posteriore del palazzo.
Vanvitelli propose il trasferimento della collezione romana dei Farnese a Napoli, in linea con l'idea dell’ampliamento degli spazi.
L'operazione fu avviata nel 1787 e perseguita nel tempo e contribuirono ad essa l'antiquario Domenico Venuti e il pittore Philipp Hackert.
L'operazione di effettivo trasferimento si rivelò però complessa e richiese alcuni anni.
Il progetto del nuovo Museo prevedeva anche di installare un Osservatorio astronomico nel Grande Salone, ma alla fine di tale Osservatorio si realizzò solo una Meridiana che dà ancora oggi il nome alla sala.
Il Museo napoletano fu inaugurato nel 1816 con il nome di " Real Museo Borbonico".
La funzione stessa del museo è quella quindi di conservare la tradizione delle collezioni reali e di collegare il Museo alla storia del territorio di appartenenza.